元は吉水院と称し、白鳳年間に役行者の創立といわれ、吉野修験宗の僧坊であった。その後は修験道と共に発展したが、明治維新の神仏分離により、吉水神社となる。

吉水院の寺伝には、文治元年（1185）に源義経が潜居し、延元元年（1336）に後醍醐天皇行在所となり、文禄3年（1594）に豊臣秀吉の花見の本陣となるなど、さまざまな歴史を伝える。