旧官幣大社。明治22年（1889）に、内務省告示で官幣中社吉野宮創立、吉水神社に祀られていた後醍醐天皇の尊像が、吉野神宮の本殿に遷座され、創祀された。明治25年（1892）の御鎮座祭には明治天皇の勅使が参向した。

大正7年（1918）に、吉野神宮と改称。今の社殿は昭和3年（1928）に竣工、昭和７年（1932）に造営が完了した。近代神社建築の代表作で、令和4年（2022）に重要文化財に指定された。