951年に興福寺の座主である一和僧都が開山。

金剛山の東麓が毎夜光を放っているのを発見した上人がその出所を探したところ、生身の仏のような仏頭（阿弥陀仏の頭）を見つけた。その地を有縁の地と草庵を結び、仏頭を本尊として法眼院と名付けたという。

1614年に仏頭は焼失し、現在は鎌倉時代作の阿弥陀如来が祀られている。