吉野山の尾根沿いの奥千本入口付近に鎮座。創祀は明らかでないが、仁寿2年（852）には史書にあらわれる。

『延喜式神名帳』には、吉野郡十座の神社の中に吉野山口神社、吉野水分神社とともに名を連ね、三社とも大社に列せられる。また、金峯山は七高山の一つとして、崇められていた。