三時期の宮殿にかかわる遺構の存在が確認されている。舒明天皇の飛鳥岡本宮、皇極天皇の飛鳥板蓋宮（いたぶきのみや）、斉明・天武天皇の後飛鳥岡本宮、天武・持統天皇の飛鳥浄御原宮（きよみはらのみや）の宮殿があったことが、発掘調査によりほぼ解明されている。

645年、飛鳥板蓋宮で蘇我入鹿が刺殺された乙巳（いっし）の変の舞台。673年、壬申の乱に勝利した大海人皇子が天武天皇として飛鳥浄御原宮で即位。など、飛鳥のさまざまな歴史を刻んだ場所である。